Homer stirbt und macht als "Geister-Dad" Springfield unsicher. Er wird von Petrus gezwungen, eine gute Tat zu vollbringen, um in den Himmel eingelassen zu werden. Dies gelingt ihm erst in letzter Sekunde, indem er ein Baby rettet. Lisa und Bart werden im Wald ausgesetzt und erleben schreckliche Abenteuer. Im dritten Teil behaupten Delphine, dass die Menschen sie einst ins Wasser getrieben hätten. Nun wollen sie an Land und den Spieß umdrehen.

Da Springfield in zwei verschiedene Vorwahlnummernbereiche aufgeteilt wird, kommt es zum Streit zwischen den beiden Stadtteilen. Homer ruft sich zum Bürgermeister von Neu Springfield aus und lässt die Stadt durch eine Mauer trennen. Als er die Band "The Who" dazu bringt, in Neu Springfield statt in Alt Springfield aufzutreten, kommt es zu einem offenen Kampf. Bis "The Who" die Unsinnigkeit des Streits erfahren und zum Anlaß nehmen, so laut zu spielen, dass die Mauer in sich zusammenfällt.

Ganz unerwartet taucht eine Tochter von Krusty dem Clown auf. Zunächst will er nichts mit ihr zu tun haben, doch dann freundet er sich mit ihr an. Als er beim Pokern ihre Geige an Fat Tony verliert, ist sie von ihrem "Daddy" zutiefst enttäuscht. Doch mit Homers Hilfe bricht er beim Gangsterboss Fat Tony ein und holt sich die Geige zurück. Sophie ist nun von ihrem Daddy restlos begeistert.

Da die Stadt Springfield einen Sequoiawald rodeln lassen will, schließt sich Lisa den Umweltschützern an. Als Baumbesetzerin nistet sie sich auf dem ältesten Sequoiabaum ein. Als sie ihn einmal für kurze Zeit verläßt, wird er vom Blitz getroffen und stürzt um. Zunächst hält man Lisa für tot. Aber als ein reicher Texaner auf dem Gelände einen Vergnügungspark errichten will, erscheint sie wieder in der Öffentlichkeit. Das für sie errichtete Denkmal wird umgestürzt und zerstört die Firma des Texaners.

Zur Aufbesserung seines Gehalts verdingt sich Homer bei Mr. Burns als sogenanntes "Spaß-Äffchen", um ihn zu unterhalten. Dies funktioniert auch eine Weile ganz gut, bis Homer als Pandabär verkleidet in arge Bedrängnis gerät, und Lisa erkennt, was ihr Vater so nebenbei alles macht. Er fühlt sich zutiefst in seiner Würde verletzt und versucht, sie um jeden Preis wiederzuerlangen, aber ohne Lisas Hilfe geht es nicht.

Homer hat sich einen Computer zugelegt und deckt auf einer eigenen Website geheime Verschwörungen und Missetaten auf, was ihm zwar den Pulitzer Preis einbringt, aber auch das Mißfallen seiner Freunde. Eines Tages wird er auf eine Insel entführt, auf der Leute gefangengehalten werden, die zuviel wissen. Die dortigen Herrscher sind empört, dass Homer durch zwei erfundene Geschichten ihren Plan durchkreuzt hat, die Weltherrschaft zu übernehmen. Homer gelingt es zwar zu entkommen und nach Hause zurückzukehren, aber schon nach kurzer Zeit befindet er sich mit der gesamten Familie wieder auf der Insel.

Bart und Homer versuchen ihre Mitmenschen mit kleinen Betrügereien reinzulegen und ihnen Geld abzuzocken. Das gelingt ihnen zunächst ganz gut, aber als ein vermeintlicher FBI-Mann sie festnimmt und der Polizei ausliefert, sind sie die Dummen, denn er stiehlt ihren Wagen. Statt Marge alles zu gestehen, tischen sie ihr eine Lügengeschichte auf, mit dem Resultat, dass Hausmeister Willie als Täter festgenommen und vor Gericht gestellt wird. Nach seiner Verurteilung schießt er Rektor Skinner nieder, woraufhin Homer endlich mit der Wahrheit herausrückt. Nun stellt sich heraus, dass die ganze Geschichte von Marge und Lisa inszeniert wurde, um Homer eine Lektion zu erteilen.

Die Grundschule von Springfield wird total eingeschneit, so dass keiner mehr das Gebäude verlassen kann. Vergeblich versucht Rektor Skinner Ruhe und Ordnung zu bewahren. Aber die Kinder überrumpeln ihn und übernehmen selbst die Kontrolle, indem sie alles auf den Kopf stellen. Inzwischen haben Homer und Ned sich auf den Weg gemacht, um die Kinder zu retten, bleiben aber selbst im Schnee stecken. Als sie schließlich gegen ein riesiges Salzsilo fahren und dieses umstürzt, fängt der Schnee an zu schmelzen und die Eingeschlossenen kommen frei.

In seiner Kindheit hat Homer sich immer Malstifte in die Nase geschoben, die schließlich sein Hirn verstopft haben, so dass er ein tumber Mensch wurde. Als man ihm die Stifte aus dem Gehirn entfernt, wird er plötzlich hochintelligent, was dazu führt, dass er seine Freunde verliert. Schließlich bittet er Moe, ihm erneut Malstifte durch die Nase ins Gehirn zu hämmern, damit er wieder wie früher wird. Lisa, die so stolz auf ihren Vater war, muss nun wieder mit dem alten Homer vorliebnehmen, verzeiht ihm aber.

Marge lernt bei einem Gefängnisbesuch den talentierten Maler Jack kennen und sorgt dafür, dass er auf Bewährung entlassen wird. Außerdem verschafft sie ihm den Auftrag, eine Schulwand zu bemalen. Aber seine Vorstellungen unterscheiden sich gewaltig von Rektor Skinners Ideen. So kommt es zum Eklat: Jack zündet sein Gemälde und Skinners Auto an und wandert wieder ins Gefängnis. Homer leidet unter starken Rückenschmerzen. Zwar kann ihm kein Chiropraktiker helfen, aber nach dem Sturz über eine Mülltonne ist Homer wieder gesund. Diese "Heilmethode" praktiziert Homer anschließend in einer eigenen Klinik und beschwört damit die Rache der Chiropraktiker herauf.

Da Bart und Milhouse dem Comichändler ein Geschäft vermasseln, dürfen sie den Laden nicht mehr betreten. Dies ist umso schlimmer, weil dort kurz darauf ein berühmter Special Effects Mann auftritt. Bei der Vorstellung erleidet der Comichändler einen Herzinfarkt. Bart ruft den Notarzt und rettet ihm damit das Leben. Aus Dankbarkeit überläßt er Bart und Milhouse vorübergehend seinen Laden, während er sich in seiner Reha-Zeit mit Mrs. Skinner anfreundet. Bart und Milhouse entdecken in dem Laden einen geheimen Raum, in dem verbotene Videos und Raubkopien aufbewahrt werden. Als die Polizei davon erfährt, wird der ganze Laden hochgenommen und der Comichändler verhaftet.

Die Simpsons legen sich einen eigenen Tennisplatz zu. Alle wollen bei ihnen spielen, und schließlich melden sich Marge und Homer zu einem Turnier an. Aber weil Homer nicht gut genug ist, ersetzt Marge ihn durch Bart. Homer ist empört und nimmt sich Lisa als Doppelpartnerin. Beim Turnier wechselt er sie allerdings gegen Venus Williams aus, die zufällig anwesend ist. Im Gegenzug holt sich Marge deren Schwester Serena. Die Williams-Schwestern wiederum holen sich Pete Sampras und Andre Agassi, so dass schließlich kein Simpson mehr auf dem Platz ist. Untereinander wieder versöhnt, sehen sie sich ein Weltklasse-Tennisspiel an.

Tingel-Tangel Bob wird aus dem Gefängnis entlassen und will sich an Krusty rächen, der ihn ins Gefängnis gebracht hat. Er hypnotisiert Bart und schnallt ihm eine Bombe um. Dann soll er Krusty bei einem Fernsehauftritt umarmen und ihn so in die Luft sprengen. Doch als Krusty sich während der Sendung bei Tingel-Tangel Bob entschuldigt, zeigt der Reue und will das Attentat verhindern. Dem Affen Chippendale gelingt es gerade noch, Bart die Bombe zu entreißen und in die Garderobe zu werfen. Trotzdem erwartet Bob die Todesstrafe.

L.T. Smash gründet mit Bart, Milhouse, Ralph und Nelson eine junge aufstrebende Band namens "Party Posse". Aber schon bald merkt Lisa, dass in den Musik-Videos Schleichwerbung für die Marine gemacht wird. Die Jungs stört das wenig, schließlich haben sie Erfolg. Als die Regierung L.T. Smashs Projekt einstellt, dreht er durch und fährt mit dem Flugzeugträger einen Angriff auf das New Yorker Redaktionsgebäude der Satire-Zeitschrift "Mad". Am Ende wird Smash in polizeilichen Gewahrsam genommen.

Homer findet zufällig heraus, dass die Duff Brauerei, der Springfields Baseballteam gehört, die Mannschaft nach Albuquerque verkaufen will. Vergeblich versucht Homer, die Öffentlichkeit über den geplanten Deal zu informieren: keiner glaubt ihm. Aus Protest tritt er in den Hungerstreik. Schließlich stellt sich heraus, dass Homer recht hatte. Der Verkauf der Baseballmannschaft kann noch rechtzeitig verhindert werden, und Homer wird wie ein Held gefeiert.

Francine, eine neue Mitschülerin, fällt vor allem durch ihre extreme Aggressivität auf. Lisa findet heraus, dass dieses Verhalten eine Reaktion auf die Schweißausdünstungen von intelligenteren Menschen ist. Sie entwickelt ein Gegenmittel, für das sie größtes Lob erhält.

Die Simpsons haben eine Reise nach Afrika gewonnen. Dort angekommen, erleben sie die wunderlichsten Abenteuer. Als sie sich verirren, lernen sie die berühmte Affenforscherin Doktor Bushwell kennen. Diese entpuppt sich jedoch als Ausbeuterin ihrer Schützlinge, die sie in einer tief unter der Erde gelegenen Diamantengrube arbeiten läßt. Mit Hilfe von Greenpeace wird die zwielichtige Forscherin schließlich entlarvt und festgenommen. Daraufhin versucht sie, sich mit Diamanten freizukaufen, was den Simpsons natürlich gerade recht ist.

Ein Tag im Leben der Simpsons wird erst aus Homers, dann aus Lisas und schließlich aus Barts Blickwinkel erzählt. Marge hat Homer aus Versehen einen Daumen abgeschnitten, als er nach einem Stück Kuchen greifen wollte. Sofort rasen die beiden ins Krankenhaus, wo der Daumen wieder angenäht werden soll. Wegen dieses Unfalls kommt Lisa fast zu spät zur Schule, wo sie ein Forschungsprojekt vorstellen will. Unterdessen hat Bart den Schmugglerring um Fat Tony ausgehoben, dessen Adlatus schließlich Homers Daumen wieder annäht.

Zwischen Ned und einer alten Bekannten, der Sängerin Rachel, funkt es, doch er ist immer noch nicht über Maudes Tod hinweg. Homer und Marge bieten sich an, alle Dinge, die Ned an Maude erinnern, aus seinem Haus zu entfernen. Dabei stoßen sie in einem Skizzenblock auf Maudes Entwurf eines Vergnügungsparks namens "Praiseland". Zum Gedenken an Maude lässt Ned den Vergnügungspark bauen, dessen größte Attraktion eine riesige Maude-Statue ist. Jeder, der vor ihr stehen bleibt, wird in einen Trancezustand versetzt. Zunächst glauben alle an ein Wunder, doch dann stellt sich heraus, dass die Trance durch das ausströmende Gas einer defekten Leitung hervorgerufen wird. Daraufhin wird der Park geschlossen. Ned lässt endlich die Vergangenheit hinter sich und wagt mit Rachel einen Neuanfang.

Da Homer sich am Knie verletzt hat und arbeitsunfähig ist, macht er eine Kindertagesstätte auf. Allerdings kümmert er sich nur noch um die fremden Kinder und nicht mehr um seine eigenen. Bart und Lisa sind empört. Als ihm auch noch ein Ehrenpreis verliehen werden soll, reicht es ihnen. In einen Film über Homers gute Taten schneiden sie kurzerhand eine Szene aus seinem Privatleben, und zwar eine, in der er betrunken am Boden liegt. Alle Eltern sind empört und wollen ihre Kinder nicht länger in Homers Obhut geben. Geläutert will Homer sich jetzt nur noch um seine eigenen Kinder kümmern.

Die Simpsons haben bei einem Preisausschreiben mal wieder eine Reise gewonnen, aber da Homer die Flughafengebühr nicht bezahlen will, reisen sie mit dem Güterzug nach Delaware. In dem Waggon treffen sie auf einen Landstreicher, der ihnen drei unglaubliche Geschichten erzählt. Obwohl diese zwar zum Teil Jahrhunderte zurückliegen, kommen die Simpsons in allen drei Geschichten vor. So wird ihnen die doch recht ungemütliche Zugfahrt versüßt.